blog.8-p.info: Illegal movie and illegal decoder? について、より詳しい情報をコメントでもらったので、こっちにも転載。

まとめると、

1. 現在のほとんどのFLVファイルはFLV1なのでOn2問題とはそもそも無関係
2. 将来FLV4も普及するかもしれないが、On2が嫌がったのはソースを見られることで、デコーダー自体ではない

ということです。FLV4がどの程度普及するのかを含めて（プラグインのライセンス料高いですから）状況は流動的ですが・・・

とのことです。